İstanbul'u fethetmesinden sonra "Fatih" lakabıyla anılmıştır. İstanbul'un fethi, Orta Çağ'ın sonu Yeni Çağ'ın başlangıcı olmuştur. Bundan dolayı Fatih, "çağ açan hükümdar" olarak da tanınır. Fatih, çıkardığı yasalarla devleti önemli ölçüde yeniden biçimlendirmiştir.

Fatih 1481’de, Anadolu’ya doğru yeni bir sefere çıktı. Ama daha yolun başında hastalandı ve 3 Mayıs 1481’de Gebze'deki ordugâhında öldü.

Gut hastalığından öldüğü sanılmakla birlikte, zehirlendiği de söylenir. Ölümünden sonra oğlu Bayezid tahta çıktı. Fatih Camii'ndeki Türbesinde tek başına yatmaktadır.